Las fases de la enfermedades se basan en La Segunda Ley Biológica de la Nueva Medicina Germánica, que postula que todas las enfermedades siguen un patrón de dos fases: la fase activa del conflicto y la fase de curación. Durante la fase activa del conflicto, se experimenta estrés emocional, ocupación mental constante sobre el conflicto, y síntomas vegetativos como insomnio, falta de apetito, ritmo cardíaco acelerado, entre otros. A nivel cerebral, la localización de la lesión está determinada por la naturaleza exacta del conflicto, y a nivel del órgano, se observa multiplicación celular en los órganos dirigidos por el cerebro antiguo, como el colon, los pulmones, el hígado o las glándulas mamarias.
Por otro lado, la fase de curación comienza cuando se resuelve el conflicto, lo que se experimenta como un sentimiento de gran alivio a nivel psíquico. A nivel del órgano, durante esta fase, los tumores dirigidos por el cerebro antiguo son degradados por microbacterias «buenas» que viven en nuestro cuerpo. A nivel vegetativo, se experimenta fatiga, debilidad y buen apetito, lo que ayuda al proceso de reparación y restauración de la salud. A nivel cerebral, la lesión cerebral también comienza a sanar. Después de la fase de curación, los tejidos y órganos involucrados son más fuertes que antes, lo que los sitúa en una posición mucho mejor en caso de cualquier repetición del conflicto. Esta ley proporciona una comprensión detallada de cómo las enfermedades progresan y se curan, centrándose en la resolución del conflicto como punto crucial para iniciar la fase de curación 6, 14, 13, 15.
De un modo más técnico diríamos que la Fase Activa o Conflicto Activo: Inicia con un conflicto biológico o choque inesperado (DHS/Bioschock) Genera una respuesta psicológica constante y pensamientos intrusivos relacionados con el conflicto. A nivel cerebral, los focos de Hamer (FH) se activan, mostrando configuraciones de anillos concéntricos. En el cuerpo, los FH activos indican cambios fisiológicos y tisulares en el órgano impactado. Fase de Recuperación o Post-Conflicto: Se presenta si la persona resuelve el conflicto biológico y experimenta la Conflicto Lisis. La persona siente alivio y paz, deteniéndose los pensamientos recurrentes. Inicia la Fase Post-Conflicto-Lisis-A (PCL-A), con cambios como disminución de frecuencias cardíaca y respiratoria, inflamación y alteraciones en el patrón de sueño. Posteriormente, puede ocurrir la crisis epileptoide/epiléptica (CE), donde se revive el conflicto como «flashbacks». Después de la CE, viene la Fase Post-Conflicto-Lisis-B (PCL-B) o fase cicatricial-restitutiva, con formación de cicatrices y retorno gradual a la normalidad. Después de la crisis, hay una fase de cicatrización (PCL-B) donde todo vuelve a la normalidad, se forman cicatrices y te sientes mejor. Al final, vuelves a tu estado normal y equilibrado.